Przydomowe oczyszczalnie ścieków oprócz wielu zalet, posiadają również kilka mniej lub bardziej widocznych wad. Niewątpliwie dla wielu osób największą wadą przydomowych oczyszczalni ścieków może okazać się ich ogromny rozmiar. Na budowę przydomowych oczyszczalni ścieków potrzebna jest bardzo duża powierzchnia, która zdecydowanie przekracza rozmiary konkurencyjnego szamba. Jest to jeden z najważniejszych minusów i zarazem jeden z najważniejszych powodów dlaczego w dzisiejszych czasach wiele osób rezygnuje z tej technologii. Osoby, które nie posiadają wolnej przestrzeni do zagospodarowania na rzecz nowoczesnej oczyszczalni przydomowej nie mogą skorzystać z jej ogromnego potencjału, nawet jakby bardzo tego chcieli.
Przydomowe oczyszczalnie ścieków w dzisiejszych czasach są również bardzo drogie, dlatego też wiele osób decyduje się na klasyczne szamba. Dużym problemem może okazać się również zła eksploatacja tego urządzenia. Pamiętać należy o gruntownym oczyszczaniu filtra z osadnika, inaczej może nasza oczyszczalnia bardzo szybko ulec zapchaniu.
